傳統的食品安全控制流程一般建立在“集中”視察、最終產品的測試等方面，通過“望、聞、切”的方法去尋找潛在的危害，而不是采取預防的方式，因此存在一定的局限性，舉例來說，在規定的時間內完成食品加工工作、靠直覺去預測潛在的食品安全問題、在最終產品的檢驗方面代價高昂，為獲得有意義的、有代表性的信息，在搜集和分析足夠的樣品方面存在較大難度。

而在HACCP管理體系原則指導下，食品安全被融入到設計的過程中，而不是傳統意義上的最終產品檢測。因而，HACCP體系能提供一種能起到預防作用的體系，并且更能經濟地保障食品的安全。部分國家的HACCP實踐表明實施HACCP體系能更有效地預防食品污染。例如，美國食品藥品管理局的統計數據表明，在水產加工企業中，實施HACCP體系的企業比沒實施的企業食品污染的概率降低了20%到60%。